종합대학 (Universität)과 응용학문대학 (Fachhochschule)의 차이점 중 하나는 박사학위가 종합대학에서만 가능하다는 것이었다. 지난해 북독일의 술레스비히 홀슈타인주에서는 응용학문대학에서도 박사과정을 할 수 있는 규정을 도입하려 시도했으나 반대가 많아 아직 논의 중이다.

바덴뷔르템베르크 주에서도 우선 실험적으로 응용학문대학에 "기한과 주제에 제한을 둔 박사학위" 제도 도입을 고려하고 있다.

그러나 종합대학들에서는 한결같이 반대하는 입장이다. 독일대학연합 (Deutsche Hochschulverband) 대변인 마티아스 야로흐 (Matthias Jaroch)는 "우리는 그러한 계획을 반대하며 크나큰 우려를 가지고 주시하고 있다"고 말하며 종합대학 고유의 기능은 기초학문연구로 이러한 기관에서만 박사과정이 수여되어야 할 것이라고 말한다.

역사적으로 보면 19세기 여성이 박사학위를 받을 수 있게 되는 과정에서, 20세기 들어 이공계에 박사학위 제도를 도입할 때 고전적인 학문연구기관이던 대학에서는 늘 반대를 했었다. 응용학문대학의 박사학위 제도가 언제 가능해질 것인지 당장은 미지수라 하겠다.

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