박사과정을 위한 모집은 보통 연구그룹의 리더를 통해 이루어집니다.
막스플랑크 같은 경우엔 요즘엔 트위터에서도 많이 볼 수 있습니다.
알고 계시겠지만, 관심이 있는 연구소/연구기관 웹사이트에 들어가보시면 x 연구를 위한 프로젝트를 위해 y 년짜리 포지션이 있다. 지원 바람. 이런 식으로 많이 볼 수 있으실 겁니다.
연구기관에서는 학위수여가 불가하기때문에 연구기관에서 박사과정을 위한 계약을 한 후, 협력 학교에 직접 등록을 해야 합니다.
협력 학교란, 연구소와의 협력관계인 대학일 수도 있지만, 지도교수의 개인적인 협력대학일 수도 있습니다.
박사과정을 시작한 후 바로 등록을 해야 하는 의무는 없지만, 박사과정을 마치는 학기에는 무조건 등록을 해야 하는 걸로 알고 있습니다.
보통 교통권 사용, 기숙사 등록 및 다양한 할인혜택 때문에 초반에 등록을 하는 경우가 많습니다.
하지만 박사과정을 시작하게 되면 연구기관에서 계약을 한 후 이에 대한 정보뿐만 아니라 다양한 지원을 해 주기 때문에 지금부터 걱정하실 필요는 전혀 없습니다.
막스플랑크 같은 경우는 대학과 달리 비자신청도 연구소에서 해 주기때문에 편리한 점이 많습니다. (예를 들면 오늘부로 휴가가 공식적으로 30일로 늘어났습니다.)
제일 중요한 부분은 dissertation과 disputation이 해당 대학의 규정에 따라 진행이 됩니다.

추가로, 협력대학에 학위수여를 위한 등록을 하는 것이고, 박사학위를 지정 대학에서 수여받는 것이지,
박사과정의 소속, 즉 affiliation은 박사과정을 한 연구기관입니다.

MPI의 경우 학위 수여 학교가 심지어 독일이 아닐 수도 있고 MPI 박사과정 학생이 언제까지 등록을 해야하는지는 학교마다 다른 것으로 알고 있습니다. 자동으로 하는거 아니고 개인이 알아서 합니다. 질질끌다 낭패보는 경우가 있으니 (학위 수여를 못받는 경우는 못봤으나 선택지가 줄 수 있습니다) 어드미션 받자마자 빨리빨리 처리하는게 좋을겁니다. 크게 중요한 점은 아닌데 그렇다고 안중요하냐고 하면 교통비나 조교같은거 때문에 낭패를 볼수도... (주변에 조교하러 한학기동안 주를 넘나든 사람이 있습니다.. )

모집 같은 경우는 각 MPI 홈페이지에 job이나 career 같은데 보면 공고가 납니다. 공고가 없다고 자리가 없단 소리는 아니니 관심있는 그룹 있으면 그냥 컨택해보셔도 됩니다.