셍겐 90일 카운팅 정지라는게 정확히 어떤 의미인지 모르겠습니다만 체류허가증에 나와 있는 발급일자 기준로 생각하시면 됩니다. 즉, 체류허가 없이 그 이전에는 셍겐 조약으로 무비자 체류였다가 체류허가가 나오면서 정식 비자로 체류하게 되는 것이니 셍겐은 의미가 없어지는 것이고 자유로이 출입국을 할 수 있는 것이죠. 만약 해당 비자가 만료가 되면 비셍겐 지역으로 가서 하루 머물고 들어오면 그 때는 셍겐 무비자 90일 체류가 가능합니다.

비슷한 생각을 한적이 있는데요.
permit 받을때 interviewer가 주는 종이를 읽어보면 permit 시작 날짜와 종료 날짜가 명시되어있어요.

쉥겐은 말그대로 조약으로 인한 웨이버라고 생각하고 중요한건 서류에 적혀잇는 종료 날짜에요 ^^

체류허가는 담당자 만나서 사진하고 돈내는 날이 시작하는 날입니다.
돈낼때 카드 받기전까지 몇일부터 몇일까지 체류허가 증명할수 있는 서류하나 받습니다.
카드 받기전에 외국 나갈일 있으면 그때 꼭 문의하세요.