3개월 뒤에 입주라고 정확한 날짜만 계약서에 적으면 계약금을 내지 않더라도 문제가 없을텐데요... 저도 예전에 WG 계약할때 방 계약은 1달전에 해놓고 보증금만 먼저 지불해놨는데 별 문제가 없었거든요.

글만 가지고 볼 때 뭔가 정확한 정황을 확인하기가 어렵네요, 지금 집 주인분과 컨텍을 하고 계신 건가요?
계약금을 미리 거는 경우는 몇 가지가 있습니다. 굳이 다 설명 드리지는 않겠습니다 힘들어서요 ^^;;;

주인이 요구하는 사항이 아니면 설령 미리 걸고 싶으셔도 걸 수가 없습니다. 주인이 원치 않는 경우도 많습니다.
심지어 안경을 새로 맞추러 갔을 때에도 안경을 하루 뒤에 찾으러 가야 하는 경우였는데 돈을 미리 내려고 하자
새로 맞춘 안경이 본인에게 잘 맞고 또 잘 보이는 등 만족이 되면 그 때 돈을 내라고 하더군요.

말이 좀 샜습니다 ㅋㅋ 결론을 얘기하면 주인이 걸라고 하는 것이 무조건 위법은 아닙니다. 혹 그렇지 않은 경우라면
굳이 그렇게 안 하셔도 되겠습니다. 물론 입주하고픈 입장을 분명하게 표명할 수 있겠으나 주인이 부담스러워 할 수도 있고
만에 하나 문제가 될 수 있습니다. 주인이 원하지도 않는 돈을 줘 놓고 '이거 어떻게 보증할 것이요' 이런 식이라면
좀 부다스러워 할 수 있습니다. 만약 원한 경우라면 어떠한 이유인지를 알아야 하겠고요.

매우 두서없네요. 내용은 이해하셨으리라 생각합니다 ^^