보통은 보팅카드만 확인합니다. 더러 여권이랑 같이 보는경우도 있구요...비자는 상관하지않습니다. 이미그레이션을 통과자체를 안하구요... 고로...문제없으세용. 국내선은 그냥, 버스, 기차 타는것과 다를 바 없습니다.

제가 이해하기로는
한아인님은 독일에 들어오신지 적어도 90일 이상 워킹비자로 체류하셨고 지금은 독일 거주중에 워킹비자가 만료된 상태이고
현재는 무비자고 학생비자를 받기위해 학교 서류를 기다리고 있는 중이다
맞습니까?

만약 맞다면, 현재 불법체류 중이십니다
베를린에 가시기 전에 우선 외국인청에 가셔서 어떤 상황인지 설명하셔야 나중에 비자 신청하러 가실때 문제가 없으실 겁니다

워킹비자로 1년 있었고 현재 비자 만료된지는 2주 되었습니다. 에... 한국은 90일 무비자로 지내는게 가능하다고 해서 우선 비행기는 끊어놨습니다. 안그래도 이번주에 외국인청에 방문이 잡혀있구요

많이들 헷갈려 하시는 부분인데
무비자 90일은 '비자가 없는 상태에서 입국한 날부터 90일'입니다.
한아인님처럼 이미 독일에서 비자를 가지고 지내고 있는 사람하고는 관련이 없습니다.

외국인청 직원마다 달라서
좋은 직원이면 무비자 불법체류는 기록에만 올라가고 학생비자를 줄 수도 있지만
운이 나쁘면 직원이 '당신은 이미 독일에서 2주동안 비자없이 무비자로 불법체류했다. 지금 여권을 제출하고 한국행 비행기표를 끊으면 그때 공항에서 여권을 돌려주겠다' 라고 할 수도 있습니다.
불법체류 기록이 있으면 심지어는 나중에 한국에서 독일 오실때 문제가 될 수도 있습니다.