ver는 특별한 뜻이 있기보다는 단어를 구성하는 전철입니다.
여러가지 뜻을 내포하고 있는데, 대충 통과,차단, 소멸,착오,제거,장소의 이동,기본어의 반대뜻 등의 의미가 있기도 한데, 이 밖에 여러가지 상황에 따른 단어들이 있습니다.
be, ge, er, emp,zer,miss 등의 전철 등과 같은 단어를 구성하는 역할을 하는데,
단어마다의 뜻이 다르기 때문에 각각의 단어를 외우거나 숙달하는 수밖에 없다고 봅니다.

뭔가 이유가 있겠지요. 그것이 독일어의 특징이고 수많은 단어들이 이러한 전철과 분리전철로 이루어졌다는 것이 외국어로써 배우기 힘들게 만들고 있습니다.

저도 궁금했던 부분이에요. 제 생각에는 ver-는 다른 전치사들과 달리 정확한 뜻이 없는 Präfixe라고 생각해요. 그래서 헷갈리는 부분이 있는 것 같아요.
하지만 ver-로 시작하는 동사들을 ver-없는 동사와 그 관계을 비교해서 살펴보면 좀 감이 잡히는데요. ver-는 동일한 의미가 확장되어서 활용된다고 보는 게 좋을 거 같아요.
예를 들어서
halten-verhalten (hold. 잡다.)(act. 잡듯이 행동하다.제스쳐)
missen-vermissen(빠뜨리다)(없어서 그리워하다)
gessen-vergessen(essen. 먹다)(밥먹듯 까먹다)
bringen-verbringen(가져오다)(시간을 가져와서 쓰다)
gleichen-vergleichen(gleich.같다.)(같은지 비교하다)
lassen-verlassen(..하게 내버려두다)(내버려두고 떠나다)
meiden-vermeiden(사람을 피하다)(만나길 피하다)
schieben-verschieben(엔진이 멈춰서 차를 밀다)(차를 밀듯 약속을 밀어서 다른 날짜로 옮기다)
schreiben-verschreiben(글쓰다)(글쓰듯 의사가 처방전을 쓰다)
schwinden-verschwinden(무거운 걸 계속 들고 있어서 힘이 없어지다)(힘이 없어지듯 실제로 없어져버려.사라져라)
sinken-versinken(감소하다. 줄어들다)(잠수함이 물속으로 감소하듯이 가라앉다)
stehen-verstehen(앉았다 일어서다)(벌떡 일어서듯 이해하다)
treten-vertreten((hit. 한 대 때리다)(때리듯 강한 자가 우리를 대표하다. 혹은 도맡다)

관련성을 명확하게 설명하긴 힘들지만
위에서 보듯이 동일한 뜻의 확장이에요.^^
독일어 공부 열심히 하세요~ 저도 열심히 하는 중입니다!