워홀비자는 안멜둥이나 특정 도시나 지역과 상관없는 지라 일단 여권을 하루빨리 재발급 받으신 후 한국에 있는 독일 대사관에 문의해봐야지 않을 까 싶네요. 아님 독일 내 한국대사관(?). 정 안 되면 한국으로 다시 갔다가 워홀비자 재발급 받고 들어오셔야 하는 것 아닌가 싶네요. 건투를 빕니다.

워홀비자는 규정상 재발급이 되지 않습니다...
http://overseas.mofa.go.kr/de-bonn-ko/brd/m_7684/view.do?seq=796555&srchFr=&srchTo=&srchWord=&srchTp=&multi_itm_seq=0&itm_seq_1=0&itm_seq_2=0&company_cd=&company_nm=&page=1
여기서 확인가능하시구요...

비자가 없어 무비자 상태이시기에 대사관에 문의 하셔야 할것 같습니다...
근로계약서가 있으시다면 근로비자를 발급신청하시길 추천드립니다.

"※ 여권을 분실 내지 도난당할 경우 워킹홀리데이 비자 재발급이 안되므로
여권 보관에 각별히 주의하시기 바랍니다." 라고 명시되어 있습니다.
우선 여권 재발급부터 받으신 후 관할 외국인청에 가셔서 문의해 보시고 임시비자를 발급받지
못하면, 귀국해서 재한 독일대사관의 영사과에서 워홀비자 남은 기간을 받을 수 있습니다.
귀국하기 전에 이메일로 영사과에 먼저 문의하시면 방문날짜를 통보받으실 겁니다.