"지나가는 말이라도"또는 "말만이라도"를 직역하면
Auch wenn es nur Worte sind,
Auch wenn Sie nicht ernst meinen,
정도로 할 수 있을것 같은데요,
그런데 한국말보다 그 부정적인 느낌 (=당신이 한말은 진심이 아니다)이 확 살아나는 느낌이라서 비꼬려는게 아니라면 아예 이 내용을 빼는게 좋을것 같습니다.

Vielen Dank für die warmen Worte.
따뜻한 말씀 감사합니다.

이렇게 쓰면 될것 같아요.

저는 어떻게 어색하지 않게 저 두가지를 엮을지 잘 생각이 나지 않네요.

독일은 저렇게 애매모호한 말들을 잘 안 쓸거같아요.
Sie sind sehr freundlich zu mir.
Es ist unheimlich freundlich, (nett)
분명하게 표현하는게 좋을거예요.
 
지나가는 말이라도,..당신의 좋은 말이 표면적인것이다라고 굳이 알려주며 고마움을 표하는
수고를 할 필요가 있을가 싶어요.